Berdasarkan Peraturan Bupati Nunukan Nomor 48 Tahun 2016 Badan Pengelola Keuangan dan Aset Daerah Kabupaten Nunukan mempunyai Struktur Organisasi sebagai berikut :
a. Kepala Dinas;
b. Sekretaris
Sekretariat yang terdiri dari :
1) Sub Bagian Penyusunan Program dan Pelaporan;
2) Sub Bagian Umum dan Kepegawaian;
3) Sub Bagian Keuangan;
c. Kepala Bidang Anggaran;
1) Sub Bidang Penyusunan dan Pengendalian Anggaran;
2) Sub Bidang Anggaran Belanja Langsung; dan
3) Sub Bidang Anggaran Belanja Tidak Langsung dan Pembiayaan.
d. Kepala Bidang Perbendaharaan
1) Sub Bidang Belanja Langsung;
2) Sub Bidang Belanja Tidak Langsung; dan
3) Sub Bidang Kas Daerah.
e. Kepala Bidang Akuntansi dan Pelaporan
1) Sub Bidang Akuntansi; dan
2) Sub Bidang Pelaporan.
f. Kepala Bidang Aset Daerah
1) Sub Bidang Penatausahaan dan Perencanaan Kebutuhan Barang Milik Daerah;
2) Sub Bidang Penggunaan dan Pemanfaatan Barang Milik Daerah; dan
3) Sub Bidang Penilaian, Penghapusan dan Pemindahtangan Barang Milik Daerah.
g. Unit Pelaksana Teknis Badan; dan
h. Kelompok Jabatan Fungsional.